Năm 2005, Nguyễn Mạnh Hùng được cấp trên điều động về nhận nhiệm vụ Trạm trưởng trạm kiểm soát biên phòng Hoàng Châu - trạm được xây dựng điểm về công tác kiểm soát biên phòng. Địa bàn trạm quản lý có 2 cửa sông Nam Triệu và Lạch Huyện, thường xuyên có các phương tiện tàu, thuyền ra vào cảng Hải Phòng.

Trên cương vị trạm trưởng, thượng uý Hùng đã tích cực tham mưu cho cấp ủy, ban chỉ huy đồn về kế hoạch công tác kiểm soát, kiểm tra chặt chẽ phương tiện ra vào khu vực trạm quản lý, tổ chức 934 ca tuần tra kiểm soát đường bộ và đường thuỷ; phát hiện bắt giữ xử lý 179 vụ/399 trường hợp vi phạm pháp luật.

Đặc biệt, trong công tác cứu hộ cứu nạn trên biển, thượng uý Hùng luôn thể hiện bản lĩnh, vai trò trách nhiệm cao, mỗi khi nhận tín hiệu cấp cứu là nhanh chóng triển khai cho cán bộ chiến sĩ trạm khẩn trương tiếp cận phương tiện, thực hiện phương châm: “Cứu người trước, cứu tài sản sau”, “Cứu người gặp nạn như cứu thân nhân gia đình”.

Điển hình như vụ cứu nạn tàu NĐ 0096 do anh Trần Văn Cai, sinh 1975, ở Cát Thành, Trực Ninh, Nam Định làm thuyền trưởng, bị tàu khác va chạm chìm. Mặc dù đang giờ ăn cơm, ngoài trời sương mù dày đặc, sóng biển dâng cao nhưng sau khi nhận tin báo cứu nạn, thượng uý Hùng và cán bộ chiến sĩ xuống ngay xuồng cao tốc đến vị trí tàu gặp nạn, kịp thời đưa 5 thuyền viên vào bờ, đồng thời điện báo cho cơ quan chức năng phối hợp cứu vớt tài sản.

Khi làm thủ tục đăng ký kiểm chứng cho các phương tiện làm ăn sản xuất trên biển, thượng uý Hùng luôn nhắc nhở cán bộ chiến sỹ phải thể hiện trách nhiệm của người chiến sỹ biên phòng, hoà nhã thân thiện, lịch sự, hướng dẫn tỷ mỷ thủ tục giấy tờ cho ngư dân, nhắc nhở các chủ phương tiện chấp hành nghiêm quy định về đảm bảo trật tự an toàn giao thông đường thuỷ.

Ngoài ra, Trạm duy trì phối hợp với ban quản lý bến phà Đình Vũ bảo vệ an ninh trật tự khu vực phà, đồng thời còn phối hợp với ban ngành đoàn thể  xã Hoàng Châu, Nghĩa Lộ, Văn Phong (huyện Cát Hải) tuyên truyền trong nhân dân Luật biên giới quốc gia, Nghị định 161/CP về quy chế khu vực biên giới biển, Hiệp định hợp tác nghề cá giữa Việt Nam và Trung Quốc.

Tổng kết phong trào thi đua quyết thắng năm 2010 vừa qua, Nguyễn Mạnh Hùng đã đạt danh hiệu “chiến sĩ thi đua”.